Фамилия Ягудеева — редкий случай, когда основа не даёт однозначной отгадки. На первый взгляд, в ней слышится что-то восточное, но при ближайшем рассмотрении выясняется, что корень, скорее всего, славянский, хотя и неочевидный.

Разбираем по составу: Ягудеева — женская форма, мужская — Ягудеев. Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Ягудеев». Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Ягуда. Вот здесь и начинается главная загадка.

Самая правдоподобная версия связывает Ягуду с диалектным глаголом «ягнуть» или «ягать». В южнорусских и украинских говорах «ягати» означало «кричать, шуметь, браниться». Прозвище Ягуда могли дать крикливому, сварливому или слишком бойкому человеку. Подтверждение этому — существование однокоренных фамилий Ягудин, Ягунов, Ягуткин, которые тоже образованы от слов со значением «шуметь, галдеть» (ср. «ягнуться» — вспылить). В этом ряду Ягудеев выглядит органично.

Менее вероятна, но возможна связь с именем Яков через народные формы. В некоторых говорах Якова могли называть Ягушей, а уменьшительное Ягуда могло возникнуть как вариант. Однако для этого нет прямой фонетической цепочки — переход «ков» в «гуд» маловероятен.

Версия о тюркском происхождении (от слова «ягуда» — «драгоценность» или от имени Ягуд) не выдерживает критики: в тюркских языках нет суффикса -еев, а фамилии с таким окончанием — почти всегда русские патронимы.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных областях России, что косвенно подтверждает её связь с южнорусской диалектной лексикой. Предок носителя фамилии, скорее всего, получил прозвище за громкий голос или вспыльчивый нрав, а его потомки стали Ягудеевыми.