Фамилия Ягудена — редкая и нестандартная для русского уха. Если смотреть на её окончание, сразу видно: она не вписывается в привычную схему русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами пример фамилии, которая пришла из другого языка и сохранила свою первоначальную форму, не адаптировавшись под русские суффиксы.

Вероятнее всего, основа фамилии — «Ягуда». Это имя или прозвище. Тут возможны две основные версии происхождения. Первая — еврейская. Имя Йегуда (Иегуда) — это древнееврейское имя, означающее «хвала Господу» или «прославленный». В русской бытовой традиции оно могло трансформироваться в Ягуда, а фамилия Ягудена — это патроним, то есть указание на отца (буквально: «сын Ягуды»). Такое окончание -ена характерно для некоторых фамилий в Молдавии и на юго-западе бывшей Российской империи (например, в Бессарабии), где под влиянием румынского языка фамилии часто оканчиваются на -а, -у, -ену. Ягудена могла возникнуть именно там.

Вторая версия — тюркская. В тюркских языках слово «ягуд» или «ягут» могло означать «бродяга», «скиталец» или, в переносном смысле, «беспокойный человек». Прозвище Ягуда могли дать человеку непоседливому или тому, кто часто менял место жительства. Тогда суффикс -ена (или -ен) — это уже местный, молдавский или украинский способ оформления фамилии.

Географически фамилия Ягудена почти наверняка привязана к территории Молдовы, Приднестровья или Одесской области Украины. В этих краях смешивались еврейские, молдавские, украинские и русские традиции, и фамилии с окончанием -ена встречаются регулярно. В центральной России такая фамилия — большая редкость.

Что касается социального статуса предков, носители фамилии Ягудена в XIX веке с большой вероятностью относились к мещанам или крестьянам, возможно, к еврейским ремесленникам или торговцам. Дворянской фамилией она не была. В любом случае, её главная особенность — необычная для русского языка форма, которая сразу выдает миграционную историю семьи и её южные корни.