Фамилия Ягудеев — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую связано с еврейской культурной и религиозной традицией. В основе фамилии лежит имя или прозвище Ягуда — это одна из народных, адаптированных в славянской среде форм библейского имени Иегуда (Иуда). На иврите это имя означает «хвала Господу» или «прославленный». В русском языке имя Иуда приобрело негативный оттенок из-за евангельского сюжета, поэтому в быту его часто заменяли на смягчённые варианты — Егуда, Ягуда.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: к основе Ягуда прибавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Ягуды). Суффикс -ев, а не -ов, объясняется тем, что основа заканчивается на мягкий согласный (в старой орфографии — на «а» с последующей мягкостью). Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных евреев или евреев-кантонистов, которые получали фамилии при записи в метрические книги Российской империи в XIX веке. Сам суффикс указывает на то, что фамилия оформилась в русскоязычной среде, а не в идише или иврите.

Географически фамилия Ягудеев тяготеет к югу и западу бывшей черты оседлости: её фиксируют в документах по Подольской, Киевской и Бессарабской губерниям. Встречается она и у потомков еврейских общин, переселившихся в центральные губернии после отмены черты оседлости в 1917 году. В современной России фамилия остаётся малочисленной — по разным подсчётам, её носят несколько сотен человек, преимущественно в Москве, Санкт-Петербурге и Ростовской области.

Интересная деталь: в некоторых архивных записях XIX века фамилия фиксировалась как Ягудиев — с ударением на второй слог, что ближе к исходному произношению имени Иегуда. Со временем написание упростилось до Ягудеев, возможно, под влиянием просторечного произношения или ошибок писарей. Спорных версий происхождения, связывающих фамилию с тюркскими корнями, всерьёз рассматривать не стоит — ни одна из них не объясняет характерного суффикса и библейской основы.