Фамилия Ягубец образована от мужского тюркского имени Ягуб, которое, в свою очередь, является мусульманской формой крестильного имени Иаков (в переводе с древнееврейского - «второй по рождению»). Имя Иаков носил библейский герой, младший из двух сыновей-близнецов Исаака и Ревекки. Таким образом, потомок человека, которого звали Ягуб, со временем получил фамилию Ягубец.