Фамилия Яканаев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Носители фамилии сосредоточены в Поволжье и на Урале, прежде всего среди башкир и татар. Основа фамилии — мужское имя Якан или Яканай, которое в тюркских языках восходит к «як» — «бок» или «сторона», а в переносном смысле могло означать «опора», «поддержка», «надёжный человек». В башкирском ономастиконе имя Яканай фиксируется как личное, от него и образована фамилия по стандартной для региона модели: к основе на -ай добавили русский патронимический суффикс -ев, что дало Яканаев.

Менее вероятна, но допустима версия от арабского «якан» — «уверенный» или «твёрдый». Однако в этом случае ожидалось бы написание Яканов или Яканеев, а форма с -а- во втором слоге (Яканай) указывает именно на тюркский уменьшительно-ласкательный аффикс -ай/-кай, который превращал имя в прозвище или домашнее имя. То есть Яканай — это нечто вроде «Яканчик» или «маленький Якан».

Словообразовательная модель типична для фамилий, возникших в XIX — начале XX века, когда у башкир и татар начали массово фиксировать фамилии по русскому образцу. Суффикс -ев, а не -ин, указывает на то, что основа оканчивалась на согласный или йот (Яканай → Яканаев). Если бы исходное имя звучало как Якан, фамилия была бы Яканов.

Встречается также вариант написания Яканайев, но он крайне редок и, скорее всего, является архаичной записью, сохранившей исходное окончание имени. В современном русском языке закрепилась форма Яканаев.

Социальный контекст: предки носителей фамилии, скорее всего, относились к сословию башкир-вотчинников или тептярей, то есть не были крепостными, а несли службу или платили ясак. Фамилия не дворянская, но и не крестьянская в русском понимании — это типичная «родовая метка» для народов Урало-Поволжья, перешедших на русскую систему фамилий.