Фамилия Якаева — женская форма, мужской вариант — Якаев. В её основе лежит имя или прозвище, но сразу заметна одна особенность: суффикс -ев, а не -ов. Это сразу указывает на то, что основа фамилии оканчивалась на мягкий согласный или на «й». В русской ономастике фамилии на -ев обычно образовывались от названий, прозвищ или имён, заканчивающихся на -ей, -ай, -яй. Поэтому логичнее всего искать корень в слове или имени, которое звучало как «Якай» или «Якей».

Самая вероятная версия: фамилия восходит к тюркскому имени Якай (или Яка). В тюркских языках «яка» означает «воротник», «край», а в переносном смысле — «близкий человек», «родственник». Имя Якай давали как охранительное, чтобы ребёнок «держался близко» к семье, или как прозвище аккуратному, опрятному человеку — «ходящему с чистым воротником». Эта версия подкрепляется географией: фамилия Якаева встречается в Татарстане, Башкортостане и среди кавказских народов, где тюркские корни сильны.

Есть и русская версия, хоть и менее распространённая. В некоторых говорах «якать» значило «кричать», «громко звать». Отсюда могло возникнуть прозвище Якай — крикливый, шумный человек. Но эта гипотеза слабее: фамилия почти не встречается в центральных русских областях, а её ареал — Поволжье и Северный Кавказ, где тюркское влияние доминирует.

Суффикс -ев, а не -ин, тоже говорит в пользу тюркской основы. В русских фамилиях от имён на -а обычно используется суффикс -ин (Иванов — от Иван, но Яшин — от Яша). Здесь же -ев, что характерно для фамилий, адаптированных из других языков, где исходное слово заканчивалось на мягкий звук. Таким образом, предки носителей фамилии Якаев, скорее всего, были людьми, которых в тюркской среде называли по имени Якай или по прозвищу, связанному с опрятностью или близостью к дому.