Фамилия Яфаева образована от диалектного варианта мужского тюркского имени Япанча — Яфай. Имя Япанча в переводе на русский язык означает «степняк, житель степи». Это имя давалось мальчикам, родители которых жили в степи. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Яфаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.