Фамилия Яхяева — это женская форма фамилии Яхяев, а та, в свою очередь, восходит к личному имени Яхя. Это имя — тюркская (и шире — мусульманская) форма библейского и коранического имени Иоанн (Иоанн Креститель), которое в арабском звучит как Яхья. Таким образом, в основе фамилии лежит имя пророка, почитаемого и в христианстве, и в исламе.

Модель образования фамилии — патронимическая, то есть «сын Яхя». Тюркский суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких согласных) присоединился к основе Яхя, образовав фамилию Яхяев. Форма Яхяева — это грамматически правильное указание на женскую линию рода, распространённое у народов, где фамилии склоняются по роду.

Географически фамилия Яхяева наиболее характерна для народов Северного Кавказа (особенно Дагестана, Чечни, Ингушетии), а также для татар, башкир и других тюркоязычных этносов России. В аварском языке, например, имя Яхья очень распространено, и фамилия Яхяев — одна из типичных для аварцев.

Стоит отметить, что в русской традиции закрепилось написание через «я» (Яхяев), что передаёт арабское произношение. Встречаются и варианты Яхиев, Яхьев, но форма с «я» в середине — наиболее частотная и этимологически точная. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком, названным в честь пророка, что в мусульманской среде считалось почётным и благочестивым.