Фамилия Якино — редкий случай, когда русская по происхождению фамилия выглядит как итальянская. Из-за окончания на -о её часто принимают за итальянскую (ср. Феллини, Тартини), но на самом деле это типичная северорусская модель фамилии, распространённая в бывших новгородских и вятских землях.

Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Якин, то есть сын или потомок человека по имени Яка. Но откуда само имя Яка? Это не официальное крестильное имя, а народная, обиходная форма от канонического имени Яков. В русских говорах Яков превращался в Яку, а ласкательная форма — в Якушу, Якуню, Якутку. Яка — одна из таких усечённых форм, как Петя от Пётр или Вася от Василий. Соответственно, Якино — это «из рода Яки» или «принадлежащее Яке».

Финальное -о в фамилии Якино — не итальянское окончание, а русский падежный реликт. В северных говорах и в документах XVII–XVIII веков фамилии на -ин часто склонялись по типу притяжательных прилагательных среднего рода: «чей?» — Якино (дитя), «чьи?» — Якины. Позже, при унификации фамилий, большинство таких форм перешли в стандартные Якин или Якины, но кое-где, особенно в глухих деревнях Архангельской, Вологодской, Кировской областей, закрепился именительный падеж среднего рода — Якино. Это не женская фамилия (женская форма — Якина), а застывшая грамматическая форма, обозначавшая род или место.

Географически фамилия Якино встречается в основном на Русском Севере и в Поволжье, куда уходили переселенцы. Встречается она и у старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные формы фамилий. Таким образом, предки носителей фамилии Якино — скорее всего, крестьяне или посадские люди из северных уездов, чьё прозвище или отчество по отцу Яке (Якову) закрепилось в местной документальной традиции.