Фамилия Якковлев встречается редко и почти всегда оказывается искажением более привычного написания — Яковлев. В русской традиции двойное «к» в корне нетипично: отчество от имени Яков образуется через суффикс -ев, а основа «Яков» пишется с одной «к». Второе «к» в фамилии Якковлев — скорее всего, результат описки в документах XIX–XX веков, когда писари на слух передавали твёрдый звук или просто ошибались при переписывании. Такие варианты нередки в метрических книгах и паспортных записях, особенно в регионах с высокой долей неграмотного населения.

Если отбросить орфографическую случайность, этимология та же, что у массовой фамилии Яковлев. В основе лежит крестильное мужское имя Яков — русская форма древнееврейского Иаков (от «а́кев» — пятка, то есть «идущий по следу»). Фамилия образована по патронимической модели: «чей сын?» — Яковлев, то есть потомок человека по имени Яков. Суффикс -ев указывает на принадлежность к роду, а окончание -а в исходной форме отчества (Яковлев сын) со временем отпало.

В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я) или -ский (от географических названий), Яковлев — типичный пример «владельческой» фамилии, которая закрепилась за крестьянами и мещанами центральной России в XVII–XVIII веках. Имя Яков было одним из самых распространённых в народе, поэтому Яковлевых — множество. А вот Якковлев — штучный вариант. Его носители, скорее всего, потомки людей, чью фамилию однажды записали с ошибкой, и она прижилась в семье.

Разобрать сословную принадлежность предков Якковлевых по одной фамилии невозможно: в разных губерниях её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство. Но именно двойное «к» — ключ к поиску: если вы ищете своих предков в архивах, стоит проверять оба написания, так как в старых документах один и тот же человек мог фигурировать и как Яковлев, и как Якковлев.