Фамилия Якобаки — случай, когда географическое происхождение почти очевидно, а вот с корнем и моделью образования придётся разбираться внимательнее. Носители фамилии встречаются в основном на юге России и в Закавказье, особенно в Краснодарском крае, Адыгее и Абхазии. Это сразу указывает на греческие или понтийские корни: окончание «-аки» — характерный признак греческих фамилий, особенно тех, что пришли с побережья Чёрного моря.

Основа фамилии — личное имя Якоб, греческая форма библейского Иаков (в русской традиции — Яков). Суффикс «-аки» в греческой ономастике выполнял роль уменьшительного или патронимического: он мог означать «сын Якоба» или «маленький Якоб». Таким образом, Якобаки — это «Яковлев» на греческий лад, но не в русской суффиксальной форме, а в той, что была принята у понтийских греков.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на «-ов», которые закрепились в качестве наследственных, греческие фамилии на «-аки» долгое время оставались прозвищными и могли меняться от поколения к поколению. Фамилия Якобаки, скорее всего, окончательно оформилась уже в XIX веке, когда греки переселялись из Османской империи на российские земли. Предки носителей этой фамилии могли быть торговцами, ремесленниками или крестьянами, но сословная принадлежность здесь не прослеживается — фамилия не даёт подсказок о роде занятий, только об имени основателя рода.

Встречаются и варианты написания: Якобаки, Якобакис (с греческим окончанием «-ис»), а также более редкая форма Якобак. Все они восходят к одному имени, но разница в суффиксе может указывать на разные диалектные группы или волны переселения. Поскольку фамилия редкая и не попала в массовые метрические книги центральной России, точных данных о её древности нет — ясно лишь, что она не старше XVIII века, когда греческие колонии стали активно вливаться в состав Российской империи.