Фамилия Якобий относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Якоб. Имя Якоб является производной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Фамилия Якобий образовалась при помощи суффикса -ий. Поэтому Якобий буквально понималось как «сын Якоба». Позднее древний суффикс -ий утратил свое прямое значение и сохранился лишь в качестве фамильного.