Фамилия Яковенкова — женская форма от Яковенков, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдаёт её происхождение. В русских фамилиях суффикс -енк- чаще всего указывает на украинское или белорусское влияние: в тех краях -енко (Яковенко) было патронимическим суффиксом со значением «маленький, сын такого-то». Однако в фамилии Яковенков к этому добавился русский суффикс -ов, что характерно для фамилий, которые оформились уже на великорусской почве, часто при переезде носителей с юго-запада в центральные или северные области России. То есть первоначально предка звали Яковенко (сын Якова), а потом, при адаптации в русской среде, фамилию русифицировали, добавив -ов, и получился Яковенков — «чей?» — принадлежащий роду Яковенко.

Основа фамилии — каноническое имя Яков, древнееврейского происхождения (Иаков, «держащийся за пяту»). На Руси имя было одним из самых распространённых, поэтому фамилий на его основе — огромное количество: Яковлев, Яковенко, Якушев, Яшков. Яковенков стоит в этом ряду особняком: оно встречается реже и имеет чёткую региональную привязку. По данным современных исследований, фамилия Яковенков наиболее плотно представлена в Смоленской, Брянской и Калужской областях — как раз на стыке русских и белорусских земель, где смешивались модели образования фамилий.

Вероятный социальный портрет предка: крестьянин или мещанин, носивший отчество Яковенок (сын Якова), которое затем закрепилось как фамилия сначала в малой форме, а потом и в полной, с русским окончанием. Дворянских корней у этой фамилии не прослеживается — в родословные книги она не входила, что типично для поздних фамилий, сложившихся в среде непривилегированных сословий.

Интересная деталь: в некоторых говорах форма Яковенков могла возникнуть и без украинского посредника — через суффикс -енк-, который в севернорусских и сибирских говорах иногда использовался для образования уничижительных или уменьшительных форм имён (ср. Васька — Васькенок). Но для фамилии Яковенков эта версия менее вероятна: географическое распространение указывает именно на западнорусское и белорусское влияние.