Фамилия Яковенков — редкий случай, когда в одном слове встретились две патронимические модели сразу. Если разобрать её по косточкам, основа — имя Яков, от него образована форма Яковенко (буквально «маленький Яков» или «сын Якова»), а затем к ней добавили ещё один русский суффикс принадлежности -ов. Получилось «сын Яковенка». Такая двойная «привязка» к отцу встречается в основном на пограничье украинской и русской ономастики: фамилии на -енко характерны для Украины, а наращение -ов — типично русский способ адаптации при переселении на север или при записи в официальные документы.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии был выходцем с украинских или южнорусских земель, где форма Яковенко была распространена, а его потомки, оказавшись в великорусской среде, получили дополнительный суффикс. В метрических книгах XIX века такие фамилии нередко писали с колебаниями: Яковенков, Яковенко, а иногда и Яковенковъ. Географически фамилия тяготеет к Курской, Воронежской и Орловской губерниям — областям, где смешивались украинские и русские говоры.

Само имя Яков (древнееврейское Иаков) означает «держащийся за пятку», но в бытовом сознании предков оно было просто библейским и очень частым. Прозвище Яковенко, от которого пошла фамилия, могло даваться не только сыну, но и младшему родственнику или работнику — в южнорусских говорах суффикс -енко иногда имел значение «помощник», «подмастерье».

В отличие от более известных Яковенко, фамилия Яковенков почти не встречается за пределами России. По переписям начала XX века её носители — в основном крестьяне и мещане, без ярко выраженного сословного перевеса. Сейчас это редкая фамилия, сохранившаяся в нескольких десятках семей, в основном в Центральном Черноземье.