Фамилия Яковено — один из тех редких случаев, когда суффикс выдаёт не географию, а историю языка. В основе, очевидно, лежит крестильное имя Яков (церковнославянская форма от Иаков, древнееврейского Иаакоб — «держащийся за пяту»). Но если фамилии Яковлев, Яковенко, Яковук встречаются на каждом шагу, то форма на -ено сразу настораживает: она не вписывается ни в стандартную великорусскую, ни в украинскую, ни в белорусскую модель.

Суффикс -ено в русских фамилиях — штука периферийная. Он не образует притяжательных прилагательных (как -ов или -ин), а скорее напоминает старые прозвищные формы на -еня, которые потом «застыли» в написании: Яковено могло значить «сын Яковы» или «человек из рода Яковы», где Якова — уменьшительное от Яков. Похожая модель встречается у фамилий типа Федено, Гришено, но они крайне редки и обычно локализуются в северо-западных говорах — в бывших новгородских и псковских землях, где суффикс -еня был жив в обиходной речи ещё в XVII веке.

Вероятнее всего, фамилия Яковено — это не украинское образование (там бы сказали Яковенко), а реликтовая севернорусская форма, сохранившаяся в небольшом ареале. Первый носитель, скорее всего, был записан в переписной книге как Яковеня — сын Якова, а затем, при унификации фамилий в XIX веке, окончание «застыло» как -ено. Встречается она и в варианте Яковеня, но Яковено — более редкий и архаичный.

О сословной принадлежности предков судить сложно: такая фамилия могла возникнуть и у крестьянина, и у посадского человека. Но сам факт, что она не переделалась в стандартное Яковлев, говорит о том, что носители жили достаточно замкнуто, в глухой местности, где местный говор не «выправили» канцеляристы. Единственное, что можно сказать наверняка: корень здесь библейский, а суффикс — местный, диалектный.