Фамилия Яковенцев — редкая и сложносоставная по своей словообразовательной модели. Её основа — каноническое мужское имя Яков (древнееврейское Иаков, «следующий по пятам»), но типичный для русских фамилий суффикс здесь не один, а два: -енц- и -ев-. Это указывает на то, что фамилия образовалась не напрямую от имени, а от промежуточной формы — отчества или прозвища Яковенец. В русской ономастике суффикс -енец обычно обозначал принадлежность к местности или коллективу: например, «яковенец» — это человек, происходящий из поселения Яковлево или потомок некоего Якова по прозвищу Яковенец. Затем к этой основе добавили типичный притяжательный суффикс -ев, и фамилия стала означать «сын Яковенца» или «из семьи Яковенцевых».

С географической точки зрения фамилия тяготеет к южнорусским и украинским говорам. Суффикс -енец в фамилиях (как, скажем, у фамилий Харченцев, Степаненцев) чаще встречается в регионах, где была распространена «малороссийская» модель отчеств на -енко. В XIX веке носители фамилии Яковенцев фиксировались в основном в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях — на стыке великорусских и украинских земель. Это косвенно подтверждает, что предки Яковенцевых могли быть крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, которые в XVI–XVII веках осваивали южные окраины Московского государства.

По социальному происхождению фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская. Дворянские роды с таким окончанием (-енцев) крайне редки, и в «Общем гербовнике» Яковенцевы не значатся. Основой прозвища могло быть не только имя Яков, но и диалектное слово «яковеня» (в некоторых говорах — «яковка»), означавшее что-то вроде «яковлев сын» или «маленький Яков». В любом случае, носитель фамилии — потомок человека, которого окружающие называли Яковенцем, подчёркивая его связь с конкретным Яковом, возможно, отцом или основателем рода.

Интересная деталь: фамилия Яковенцев могла возникнуть и как вариант фамилии Яковенко, но с русифицированным окончанием. В условиях, когда украинцев переписывали в русские ревизские сказки, писарь мог заменить типичное -енко на -енцев, чтобы фамилия звучала «по-великорусски». Поэтому не исключено, что часть современных Яковенцевых — потомки украинских казаков или крестьян, переселившихся на север в XVIII–XIX веках.

Встречается ли фамилия сегодня? Да, но редко. По данным открытых телефонных справочников, большинство Яковенцевых живут в Центральной России и на юге Украины, а также в Краснодарском крае. Численность — не более нескольких сотен человек на всю страну. Это делает фамилию ценной для генеалогов: найти чёткие следы предков проще, чем в случае с массовыми Ивановыми или Кузнецовыми.