Фамилия Яковищенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Яковища. Имя Яковищ является производной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Поэтому Яковищенко буквально понималось как «сын Яковищи».