Фамилия Якшанина образована от мужского прозвища или имени Якшан, а тот, в свою очередь, — от тюркского корня «якшы» (хороший, добрый, удачный). В татарском, башкирском и других тюркских языках слово «якшы» означает «хорошо», «добро», а также «хороший человек». Таким образом, Якшан — это, скорее всего, прозвище, данное человеку с положительными качествами: доброму, удачливому, умелому. Могли так назвать и ребёнка в качестве оберега, пожелания ему счастливой судьбы.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Якшанин — сын Якшана, а Якшанина — женская форма от той же основы. По модели образования фамилия типична для северных и центральных русских областей, где часто использовали притяжательные суффиксы. Однако сам корень выдает восточные, тюркские корни предков. Фамилия могла возникнуть в среде русских крестьян или служилых людей, которые контактировали с татарами, башкирами или чувашами, либо у обрусевших представителей этих народов.

Встречается фамилия Якшанина в основном в Поволжье и на Урале — в зоне активного русско-тюркского взаимодействия. В дореволюционных переписях её носители обычно числились государственными крестьянами или мещанами. Сословной элиты среди Якшаниных, насколько можно судить по архивным данным, не было — фамилия оставалась простонародной.

Стоит упомянуть и редкую альтернативную версию: в некоторых говорах «якша» могло означать «болтун» или «пустомеля» (от глагола «якшаться» — общаться, водиться). Но эта гипотеза слабая: слово «якшаться» появилось в русском языке позже и не дало устойчивых прозвищ. Основное и наиболее вероятное объяснение — от тюркского «хороший».