Фамилия Яканина — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичный для русских фамилий суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Яканы или человек из семьи Яканиных). Основа здесь — Якан(а). Само слово «якан» в русских говорах не встречается, поэтому версия о прозвище от диалектного слова слабая. Гораздо вероятнее, что перед нами обиходная форма крестильного имени.

В основе фамилии лежит, скорее всего, каноническое имя Иакинф (в просторечии Акинф, Акиня). В народе его переделывали во множество уменьшительных форм: Акиня, Аканя, Яканя. Переход начального «а» в «я» — явление нередкое для говоров, где аканье соседствовало с яканьем (произношение «якан» вместо «акан»). Так Яканя — это «домашний» вариант имени Якинф или Акинф, а Яканина — буквально «дочь или жена Якани» (в женском роде) или «потомок Якани» (в мужском, через отчество). Фамилия могла закрепиться за женщиной (вдова, дочь) или, что чаще, передаться по мужской линии как отчество, застывшее в форме родительного падежа.

Модель образования типична для северных и центральных регионов России, где суффикс -ин активно присоединяли к основам на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от слов мужского рода, Яканина говорит о прозвище или имени, оканчивающемся на гласный. Сравните с фамилиями Акинин, Акинфин — Яканина стоит с ними в одном ряду, но с фонетическим сдвигом.

Встречается фамилия крайне редко, в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о народной переработке церковного имени: именно в этих регионах старообрядческие и крестьянские говоры дольше сохраняли архаичные формы. Никакого отношения к яканию как особенности произношения фамилия не имеет — это случайное внешнее совпадение.