Фамилия Яканин — редкий пример отчества, образованного от имени, которое в современном русском языке почти не встречается. В её основе лежит каноническое мужское имя Иоаким (в просторечии — Яким), а форма Яканин возникла в результате характерного для русских говоров перехода «и» в «а»: Яким → Якан. Это произошло в диалектах, где безударные гласные редуцировались сильнее, и имя звучало как «Яка́н». Фамилия, таким образом, отвечает на вопрос «чей?» — сын Якана, то есть потомок человека по имени Яким.

По словообразовательной модели фамилия Яканин относится к типично русскому типу на -ин, который присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или согласный. Суффикс -ин указывал на принадлежность: Яканин — «из рода Якана». Это же имя (в форме Яким) дало более распространённые фамилии Якимов, Якименко, Якушев. Яканин стоит в ряду редких вариантов, сохранивших диалектное произношение.

Имя Иоаким (древнееврейское «Йехояким» — «Бог воздвигнет») в народной среде постоянно сокращалось и переделывалось. Сначала оно превратилось в Яким, а затем в некоторых регионах — в Якан. Встречается и форма Яканя, от которой тоже могли образовать фамилию (Яканин, возможно, и от неё). Таким образом, носитель фамилии Яканин — потомок человека, которого в быту звали не Якимом, а именно Яканом.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — местам, где были сильны окающие говоры, но в данном случае сработал акающий вариант произношения. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании исходного прозвища. В дореволюционных переписях и метрических книгах фамилия могла записываться с одним «н» (Яканин) или с двумя (Яканнин), но норма закрепилась в современном написании. Социальный состав носителей — преимущественно крестьяне и мещане, так как имя Иоаким было распространено среди простого народа, а не в дворянской среде, где предпочитали полные церковные формы.