Фамилия Якшимбатов — редкий случай, когда основа не славянская, а тюркская, причём с прозрачной внутренней формой. Она образована по стандартной русской модели патронимических фамилий на -ов: к личному имени или прозвищу Якшимбат добавили суффикс принадлежности. Вопрос в том, что означало это имя и откуда оно взялось.

Разбираем имя Якшимбат. Первая часть — «якши» (в современной орфографии чаще «яхшы» или «якшы») — в тюркских языках, особенно в башкирском и татарском, значит «хороший», «добрый», «красивый». Вторая часть — «бат» — может восходить к персидскому «бахт» (счастье, удача, доля) или к тюркскому «батыр» (богатырь, храбрец) в усечённой форме. Таким образом, наиболее вероятное значение составного имени Якшимбат — «хорошая доля» или «доброе счастье». Это типичное для тюркской антропонимии имя-пожелание: родители надеялись, что судьба ребёнка будет удачливой.

Географически фамилия почти наверняка связана с башкирской или татарской средой. В Башкортостане и соседних регионах имя Якшимбат (в вариантах Якшимбет, Якшибай) встречается в исторических документах. Суффикс -ов указывает на то, что фамилию фиксировали уже в русскоязычной канцелярии: при переписях или рекрутских наборах имя отца записывали как Якшимбат, а сыновей — как Якшимбатовы.

Можно сравнить с однокоренными фамилиями: Якшибаев, Якшимов, Якшигулов. Все они держатся на корне «якши» и различаются вторыми компонентами (бай — богач, гул — раб божий, бат — счастье). Якшимбатов стоит особняком: в отличие от частых «баев», здесь пожелание удачи, а не богатства.

Сведений о сословной принадлежности носителей фамилии в открытых источниках мало. Скорее всего, это были крестьяне или тептяри (сословие в Приуралье, платившее ясак). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сегодня Якшимбатовы встречаются в Башкортостане, Татарстане, а также в Челябинской и Оренбургской областях — там, где исторически жили башкиры и татары.