Фамилия Якубчинский — типичный пример того, как польская или западнорусская фамилия на -ский была образована от имени собственного. В основе лежит имя Якуб — польская и чешская форма библейского имени Иаков (Яков). Суффикс -ин- в данном случае указывает на принадлежность: первоначально Якубчинский означало «сын или потомок Якуба» (Якубка, Якубчика). Модель образования проста: к основе имени Якуб- добавлялся уменьшительный суффикс -чик (Якубчик), а затем уже типичный для шляхетских фамилий суффикс -ский.

Топонимическая версия, хоть и возможна, менее вероятна. Существуют населенные пункты вроде Якубчице в Польше или Якубчино в Беларуси, но фамилия с суффиксом -ский в этих краях часто присваивалась именно по имени владельца поместья или основателя рода, а не по названию деревни. Если бы фамилия была чисто топонимической, она, скорее всего, имела бы форму Якубчицкий (от Якубчице).

Обратите внимание на редкий для русской ономастики элемент — сочетание суффиксов -ин- и -ск-. В малороссийских и белорусских землях такие формы встречались чаще, чем в Великороссии, где преобладали фамилии на -ов/-ев. Якубчинский — фамилия, которая почти наверняка указывает на польские или западнорусские (литвинские) корни, возможно, на мелкопоместную шляхту или казачью старшину. В России фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что говорит о миграциях носителей в XIX–XX веках.