Фамилия Якубик звучит скорее по-польски или по-западноукраински, чем по-великорусски. Её выдает суффикс -ик, который в восточнославянских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, зато типичен для польской и украинской традиции. Основа здесь — личное имя Якуб, то есть библейский Иаков (в русской традиции — Яков). Так что Якубик — это буквально «маленький Якуб» или, что вероятнее, «сын Якуба». Подобные патронимические прозвища на -ик были распространены в Речи Посполитой: они заменяли русский суффикс -ович, но с оттенком уменьшительности или даже ласкательности.

В польском языке имя Jakub дало множество фамилий: Якубовский, Якубяк, Якубец, Якубик. Последняя форма — одна из самых компактных. В украинских землях, особенно в Галичине и на Волыни, такой вариант тоже встречается, но с ударением, скорее всего, на последний слог: Якуби́к. В белорусском ареале фамилия могла писаться как Якубік. В России она редкая, и если встречается, то чаще всего у потомков переселенцев из западных губерний или у поляков, переехавших вглубь империи в XIX веке.

Интересно, что в некоторых говорах «якуб» могло быть не только именем, но и прозвищем — например, так называли человека с упрямым или насмешливым нравом, по ассоциации с библейским Иаковом, который боролся с Богом. Однако для фамилии Якубик такая версия вторична: подавляющее большинство носителей получили её от отца по имени Якуб, а не по личной черте характера.

Сословного барьера у этой фамилии не было. Якубиками могли называть и крестьян, и мещан, и шляхту (мелкую, безземельную). В польских метриках XVII–XVIII веков эта фамилия встречается в основном среди городского населения и крестьян Мазовии и Малопольши. Так что предки современного Якубика, скорее всего, были либо ремесленниками из польского местечка, либо хлеборобами с Западной Украины, чью фамилию просто записали по отцу — без всякой романтики, по-деловому.