Фамилия Якуповых — одна из тех, что образована от личного имени, а не от прозвища или профессии. В её основе лежит арабское имя Якуп (Якуб), которое в русской традиции соответствует библейскому Иакову. Имя это принесли с собой тюркские народы, принявшие ислам, поэтому фамилия Якупов — почти всегда маркер татарского или башкирского происхождения. Встречается она и у казахов, но в русском контексте чаще всего указывает на поволжских татар.

Суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: «чей сын?» — Якупова сын. Такая модель образования фамилий у тюркских народов сложилась под влиянием русской административной системы в XIX веке, когда крестьянам и горожанам массово присваивали фамилии по имени отца. До этого Якуповы могли быть просто Якуповыми детьми, без закреплённой фамилии.

Интересная деталь: имя Якуп в тюркской среде могло быть не только прямым, но и охранительным. В некоторых регионах считалось, что имя библейского пророка (в исламе — Якуб, сын Исхака) приносит удачу и защищает от злых духов. Так что предок-основатель фамилии мог получить это имя не случайно, а как оберег.

Географически фамилия Якуповых особенно частотна в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и среди сибирских татар. Сословной привязки нет: Якуповыми могли быть и крестьяне, и купцы, и муллы. В дореволюционных переписях эта фамилия фиксируется в основном у государственных крестьян и мещан, что говорит о её демократичном характере.

Если сравнивать с однокоренными, то Якупов — «русская» версия. У башкир и татар распространены формы Якупов, Якупов-... (с дополнительными компонентами), но без суффикса фамилия звучала бы как Якуп, что редко. Встречается также вариант Якубов — он мог возникнуть при записи через арабское окончание, но Якупов по происхождению чище тюркский.