Фамилия Якупур — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает антропонимический. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или прозвищ, Якупур, скорее всего, не имеет отношения к имени Яков или его тюркским аналогам. Основа здесь — топоним, точнее, название реки Якупур, правого притока Амазонки в Бразилии. Носители фамилии могли получить её по месту жительства или службы, если их предки в XVIII–XIX веках оказались в тех краях — например, среди русских эмигрантов, моряков или торговцев, осевших в Южной Америке.

Суффикс -ур в русском языке нетипичен для фамилий. Он встречается в заимствованных топонимах (например, Сингипур, Баку) и в редких прозвищах, но в случае Якупур работает как адаптация индейского или португальского названия. Фонетически фамилия могла возникнуть при переосмыслении: русские поселенцы «обрусели» бразильское Japurá или Yapurá, превратив его в Якупур. Альтернативная, менее вероятная версия — что это искажённое тюркское «якшы» (хороший) с элементом «пур» (река), но такая гипотеза не подтверждается ни ономастическими источниками, ни реальной географией.

Словообразовательная модель фамилии — нулевая, без стандартных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это указывает на её позднее и искусственное происхождение: её не «делали» в крестьянской среде, а фиксировали как прозвище или фамилию выходца из далёких мест. В метрических книгах XIX века Якупур почти не встречается, что говорит о крайней малочисленности рода. Если искать аналоги, то это фамилии вроде Амазонкин или Ориноков — тоже от рек, но Якупур уникален своей неожиданной бразильской привязкой.

Известных носителей фамилии в открытых источниках нет, что делает её ещё более загадочной. Скорее всего, Якупур — не массовая фамилия, а локальный осколок истории: потомок русского моряка, завербовавшегося в южноамериканский порт, или ссыльного, осевшего в бассейне Амазонки. Проверить это можно только через генеалогические архивы — например, метрики русских общин в Бразилии или списки пассажиров пароходов XIX века.