По одной из них, эта фамилия образована от производной формы мужского имени Яков (каноническая форма Иаков) — Якуша. В переводе с древнееврейского языка это имя означает «последователь» или «второй по рождению». Имя Иаков - это имя известного библейского героя, младшего из двух сыновей-близнецов Исаака и Ревекки. Скорее всего, основатель рода Якушеных был человеком из простого сословия. Согласно другой, менее правдоподобной версии, основой для фамилии послужило прозвище Якуша, которое ведет свое начало от диалектного слова «якуш». Так в некоторых говорах называли плотника-резчика, который делал украшения на избы и суда. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якуша, со временем получил фамилию Якушена.