Фамилия Якушина, вероятно, образована от церковного имени Яков, точнее от его просторечной формы Якуша. В переводе с древнееврейского это имя значит «последователь» или «второй по рождению». Согласно другой, менее правдоподобной версии, основой для фамилии Якушина послужило прозвище Якуша, которое произошло от диалектного «якуш» – так в некоторых говорах называли плотника-резчика, который делал украшения на избы и суда. Веселовского упоминаются однокоренные фамилии: Якушкин Третьяк Григорьевич, 1550 г., Псков; Якушкин Иван Данилович, 1577 г., Коломна; Якушкин Иван Яковлевич, 1606 г.