Фамилия Ялкапов образована от мусульманского имени Ялкап. По одной из версий, оно имеет марийское происхождение и состоит из двух слов: «ял» - «деревня» и «кап» - «тело». Согласно другой версии, в основе это фамилии лежит одно из турецких слов: yalaka – «подхалим, подлиза», «назойливый человек», либо yalak – «деревянное корыто». Имя Ялкап довольно популярно в Таджикистане.