Фамилия Ялкаев — один из тех редких случаев, когда корень слова почти наверняка тюркский, а суффикс — русский, и это сочетание многое говорит о географии и истории рода. Основа «ялка» восходит к тюркским языкам, где «ял» означает «грива» или «холка» (у лошади), а в переносном смысле — «шея» или «загривок». В татарском и башкирском языках слово «ялкау» (или «ялкав») имеет значение «ленивый». Это сразу задаёт два возможных направления для прозвища: либо человека прозвали за внешность (длинная шея, пышная грива волос), либо за характер (лень). Обе версии имеют право на жизнь, но вторая — с «ленивым» — встречается в тюркской ономастике чаще: прозвища по недостаткам или особенностям поведения были обычным делом.

Словообразовательная модель проста: к основе «Ялка(в)» добавили русский патронимический суффикс -ев, который в XVI–XVII веках активно прикрепляли к нерусским именам и прозвищам при оформлении фамилий. Форма Ялкаев (а не Ялкавин) указывает, что в исходном слове на конце был согласный «в» или «у», который в русском восприятии перешёл в «ев». Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами Поволжья и Приуралья — это маркер татаро-башкирского происхождения. В метрических книгах XIX века Ялкаевы фиксируются среди тептярей и государственных крестьян на территории современных Татарстана и Башкортостана.

Если копнуть глубже, можно заметить, что фамилия имеет параллели с однокоренными Ялков, Ялкин, Ялтаев. Но Ялкаев выделяется редким суффиксом -аев, который в русской антропонимии встречается реже, чем -ов или -ин. Это может говорить о том, что фамилия закрепилась в письменных источниках относительно поздно, уже в XVIII–XIX веках, когда тюркские имена адаптировались под русские окончания. В любом случае, носитель фамилии Ялкаев с высокой вероятностью имеет предков, живших в смешанной тюрко-русской среде, где прозвище «ленивый» или «длинношеий» стало родовым именем.