Фамилия Ялышев образована от тюркско-татарского мужского имени Ялыш – диалектного варианта имени Ялчигул, которое переводится как «наемный воин». Менее вероятна связь фамилии с марийскими корнями: «илыш» («жизнь») или «ял» («деревня»).