Фамилия Ялышенко — пример украинской модели фамилии на -енко, типичной для Левобережной и Слобожанской Украины. Суффикс -енко образует патронимимы: Ялышенко — это «сын Ялыша» или «потомок Ялыша». Основа Ялыш- — это прозвище, которое, скорее всего, происходит от тюркского слова «ялы» (берег, побережье) или от глагола «ялынуться» в южнорусских говорах, означающего «жалеть, скупиться». В тюркских языках «ялы» также может означать «грива» или «гребень волны», что могло быть метафорой для человека с пышными волосами или живущего у воды.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: прозвище Ялыш могло образоваться от диалектного «ялык» — «ялик, лодка». Тогда Ялышенко — «сын лодочника» или перевозчика. Однако связь с тюркским корнем более распространена в украинской антропонимии, так как на юге Украины и в Запорожье было много контактов с ногайцами и крымскими татарами.

Географически фамилия Ялышенко тяготеет к Полтавской, Харьковской и Сумской областям. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии чаще всего записаны как казаки или государственные крестьяне — то есть свободное сельское население, не бывшее в крепостной зависимости. Это косвенно подтверждает версию о происхождении из казацкой среды, где тюркские заимствования в прозвищах были обычным делом.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ялышев (русская версия с суффиксом -ев), Ялынский (польско-украинская шляхетская модель), Ялык. Все они восходят к одному корню, но суффикс -енко однозначно указывает на украинскую патронимическую традицию XVII–XVIII веков. Таким образом, носитель фамилии Ялышенко может с большой вероятностью считать своими предками запорожских или слободских казаков, чьё прозвище отражало либо внешность, либо род занятий, связанный с водой.