Фамилия Яндайкин — редкая и по-своему загадочная. Её основа — личное имя или прозвище Яндай. В русской ономастике это слово не встречается в словарях древнерусских имён, поэтому логичнее всего искать его корни в тюркских языках. Суффикс -кин указывает на принадлежность: Яндайкин буквально значит «сын Яндая» или «человек из рода Яндая». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я (ср. Фомин, Никитин).

Само имя Яндай могло произойти от тюркского «ян» (душа, сторона) или «янда» (рядом, возле). В тюркских языках есть мужское имя Яндай, которое встречается у башкир, татар и казахов. В переносном смысле прозвище могло означать «близкий человек», «спутник» или «попутчик». Другая версия связывает Яндая с диалектным словом «яндык» — так в некоторых говорах называли ягнёнка. Тогда прозвище давали человеку с мягким, кротким характером или, напротив, тому, кто «блеял» — говорил быстро и невнятно.

География фамилии узкая. Яндайкины встречаются в основном в Поволжье — в Чувашии, Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской области. Это наводит на мысль о смешанном русско-тюркском происхождении. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был крещёным татарином, башкиром или чувашом, получившим фамилию по имени отца после перехода в православие. В русской среде фамилия закрепилась уже как полностью русифицированная, с типичным окончанием -ин.

Интересно, что фамилия Яндайкин не упоминается в классических справочниках — ни у Унбегауна, ни у Никонова. Это говорит о её локальности и, возможно, о сравнительно позднем оформлении (XVIII–XIX века). В современных базах данных фамилия встречается редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: все Яндайкины, скорее всего, восходят к одному небольшому роду.