Фамилия Яндырев — один из тех редких случаев, когда русская фамилия почти наверняка имеет тюркское происхождение, причем корень её напрямую связан с географическим названием. В отличие от большинства фамилий на -ев, образованных от личных имён (Иван — Иванов), основа здесь не антропоним, а топоним.

Скорее всего, фамилия восходит к названию реки Яндырь (или Яндыр) — правого притока Кубани, протекающего в Карачаево-Черкесии. В тюркских языках «яндыр» означает «сжигающий», «опаляющий» или «жгучий» — так могли назвать бурную горную реку с холодной водой, которая «обжигает» при купании, или же место, выжженное солнцем. Жителей по берегам этой реки называли «яндырцы», а выходца оттуда — «Яндыр». При добавлении русского патронимического суффикса -ев (указывающего на принадлежность) получилась фамилия Яндырев: «сын Яндыра», то есть потомок человека, пришедшего с реки Яндырь.

Существует и менее вероятная версия, связывающая фамилию с личным тюркским именем Яндыр, которое могло быть прозвищем для вспыльчивого или «жгучего» человека. Однако приоритет топонимической версии поддерживается тем, что фамилия Яндырев исторически зафиксирована именно на Северном Кавказе и в казачьих областях — в станицах бывшей Кубанской области и среди терских казаков. В этих местах было принято давать фамилии по названиям рек и урочищ, откуда переселился род.

С точки зрения словообразования, фамилия проста: корень Яндыр- и суффикс -ев. Она не имеет «дворянских» формантов вроде -ский, что указывает на её происхождение из казачьей или крестьянской среды. Сословно предки Яндыревых, скорее всего, были казаками или государственными крестьянами южных окраин России, которые осваивали земли вдоль Терека и Кубани.

Фамилия чрезвычайно редкая. В дореволюционных справочниках она не частотна, а сегодня её носителей можно встретить в основном в Краснодарском и Ставропольском краях, а также в Ростовской области — там, куда мигрировали кубанские и донские казаки. Прямых указаний на известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что только подтверждает её локальный, «речной» характер.