Фамилия Янгисаев звучит непривычно для русского уха, и это первый ключ к её разгадке. Перед нами яркий пример фамилии, образованной от тюркского имени, причём с очень прозрачной внутренней формой. В основе лежит мужское имя Янгиша (или Янгиш), которое восходит к тюркскому слову «янги» — «новый». В именах тюркских народов «новый» часто означал «новорождённый», «долгожданный» или «младший» (как бы «новый сын» в семье). Суффикс -сай (-шай) в таких именах — типичный ласкательно-уменьшительный аффикс, который добавлял оттенок нежности или указывал на младшего ребёнка. Таким образом, Янгиша — это буквально «новенький», «младшенький».

Словообразовательная модель фамилии — классическая русская патронимическая: к тюркской основе Янгиша добавили русский суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Это типичный случай, когда в русской официальной среде, особенно после крещения или при переписях, татарское или башкирское имя превращалось в фамилию по схеме «чей?» — «Янгишаев». Форма «Янгисаев» вместо ожидаемого «Янгишаев» — это результат местного произношения: в некоторых тюркских диалектах звук «ш» мог переходить в «с», или же это влияние письменной фиксации, где «ш» и «с» путали при записи.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Приуралья — к Башкортостану, Татарстану, Оренбургской области. Носители фамилии — потомки тех, кого в документах XVIII–XIX веков записывали по отцу как «Янгишаевы» или «Янгисаевы». Сословно это, скорее всего, были государственные или ясачные крестьяне, реже — служилые татары. В отличие от княжеских или дворянских фамилий, у Янгисаевых нет сложной этимологии: имя предка говорит само за себя — он был младшим и, возможно, долгожданным ребёнком в семье.