Фамилия Яннакова звучит непривычно для русского уха, и дело не только в редкости. В ней чувствуется другой языковой строй. Основа здесь — имя Янна. Это не русская, а западная или южнославянская форма, а также вариант у народов Кавказа. В славянском мире Янна — это производное от Ивана (через польское, чешское или украинское Jan), то есть «Ян» с уменьшительным суффиксом -а. Но в фамилиях такого типа чаще встречается другой путь.

Ключ к разгадке — суффикс -ов. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Яннаков, то есть сын или потомок Яннака. Сама фамилия мужского рода — Яннаков, а Яннакова — это женская форма. В русской традиции такие фамилии редки: обычно они заканчиваются на -ов/-ев, а не на -ов. Но у народов Северного Кавказа, особенно у осетин, ингушей и чеченцев, фамилии на -ов (в женском роде -ова) — норма. Там Яннаков могло возникнуть от имени Янна или Яннах — личного имени, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому или арабскому корню «джан» (душа, жизнь) с добавлением местного суффикса.

Географически фамилия Яннакова встречается в основном в республиках Кавказа и в среде кавказских диаспор. Это не случайно. В осетинском языке, например, есть мужское имя Янна, а суффикс -ак часто образует прозвища или уменьшительные формы. Предок носителя фамилии мог получить прозвище Яннак — «маленький Янна» или «сын Янны». Скорее всего, он был осетином, ингушом или чеченцем, а фамилия закрепилась в XIX—XX веках, когда на Кавказе проводилась русификация фамилий через добавление типовых русских суффиксов.

Русская версия — от редкого канонического имени Иоанн через его народную форму Ян — маловероятна. В русских говорах Янна не употреблялась, а суффикс -ак в русских фамилиях (типа Рыжаков, Глушаков) обычно прикреплялся к прилагательным или существительным, а не к именам. Поэтому кавказское происхождение — основное и самое правдоподобное.