Фамилия Янаккова — женская форма, образованная от мужской Янакков. В русской традиции такие фамилии с двойным «к» и суффиксом -ов встречаются редко и почти всегда указывают на нерусское происхождение. Скорее всего, основа — тюркское или кавказское личное имя Янак, уменьшительная форма от имён вроде Ян, Янбай или Янарслан. В тюркских языках «ян» означает «душа», «сторона», а суффикс -ак придаёт ласкательный оттенок, так что Янак можно перевести как «душенька» или «родной».

Фамилии на -ов у народов Северного Кавказа, татар и башкир нередко образовывали от имён предков: Янак → Янакков — «сын (или потомок) Янака». Удвоение «к» в русской записи могло возникнуть при адаптации тюркского произношения, где согласный звучит твёрже и дольше, или из-за того, что исходное имя записывали как Янакк. Есть и другая версия: фамилия могла быть искусственно изменена при паспортизации в XIX–XX веках, когда чиновники по ошибке или из-за диалектного произношения удвоили букву.

Географически Янакковы и Янакковы чаще встречаются в Дагестане, Чечне, Татарстане и Башкортостане, реже — среди калмыков и казахов. В русских переписных книгах и метриках XVII–XVIII веков такая фамилия не прослеживается, что подтверждает её более позднее оформление в документах после присоединения этих регионов к империи.

Сословная принадлежность предков могла быть разной: от крестьян-скотоводов до мелких служилых людей. Никаких дворянских родов с фамилией Янакков в гербовниках не зафиксировано. Сегодня носительницы фамилии Янаккова живут в основном на юге России и в Поволжье, и их генеалогия обычно упирается в начало XX века, когда фамилии окончательно закрепились.