Фамилия Янудина — редкий случай, когда женская форма фамилии закрепилась в официальном обиходе, а мужская (Янудин) встречается куда реже. По сути, мы имеем дело с «матронимом» — фамилией, образованной от женского имени. Основа здесь — имя Януда, которое является просторечной, народной формой канонического имени Иоанна (в русском быту — Анна, Яна, Янина). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Янудин, то есть сын или потомок Януды.

В русской ономастике матронимы возникали в ситуациях, когда женщина после смерти мужа вела хозяйство и её имя становилось главным идентификатором семьи, или если мать была более заметной фигурой в общине, чем отец. Для фамилий на -ин это нетипично — обычно они образуются от мужских имён (Иван — Иванов, Пётр — Петров). Но Янудина как раз исключение: женское имя Януда дало фамилию напрямую, без перехода через мужскую форму.

Само имя Януда — украинского или южнорусского происхождения. В украинском языке уменьшительные формы от Янина (Янка, Януся) легко давали прозвища вроде Януда. Есть и другая версия: связь с тюркским корнем «ян» (душа), но она менее убедительна, так как фамилия плотно привязана к славянскому именослову и не встречается в татарских или башкирских списках.

Географически фамилия Янудина тяготеет к Курской, Белгородской и Воронежской областям, а также к востоку Украины (Сумщина, Харьковщина). В XIX веке носители фамилии числились преимущественно среди государственных крестьян — то есть лично свободных, но приписанных к казённой земле. Никакого дворянского или купеческого следа у Янудиных не обнаружено.

С точки зрения словообразования, фамилия сохранила архаичное ударение на втором слоге (Яну́дина), что тоже указывает на её народное, не книжное происхождение. Если бы фамилия была выведена искусственно, ударение, скорее всего, падало бы на первый слог — по аналогии с Я́ковлев или Я́нин.