Фамилия Янутин — редкий пример того, как уменьшительное имя стало родовым прозвищем. В её основе лежит имя Ян, западнославянская и прибалтийская форма канонического Иоанн (Иван). Суффикс -ут- (-ут-) указывает на то, что перед нами не просто отчество («сын Яна»), а ласкательное или уменьшительное производное: Янут — «маленький Ян», «Янечка». Такие модели с суффиксом -ут- характерны для польской, белорусской и украинской антропонимии (сравните: Козут, Марут, Станут). Фамилия же строится по типичной восточнославянской схеме: к основе Янут- добавляется притяжательный суффикс -ин, то есть Янутин — «чей?» — «сын Янута».

Географически фамилия тяготеет к западным и юго-западным регионам России, а также к Беларуси и Украине. Встречается она нечасто, что делает её ценной для локальной генеалогии: носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких близких местностей, где имя Ян было в ходу. В польских и белорусских метриках XVII–XVIII веков форма Янут (Janut) фиксируется как самостоятельное крестильное имя, а не только как прозвище.

Есть и более простая, бытовая версия происхождения. В северных и центральных говорах России словом «янут» могли называть ягнёнка (от диалектного «ягня»). В этом случае прозвище Янут давали человеку кроткого, тихого нрава или, напротив, кудрявому, как молодой барашек. Однако эта версия менее вероятна: фамилия с явным западнославянским суффиксом -ут- в основе говорит сама за себя.

Таким образом, Янутин — фамилия, которая соединяет в себе две культурные традиции: уменьшительное имя из польско-литовского круга и русский способ оформления отчества. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами из западных губерний Российской империи, где имя Ян было обычным, а суффикс -ут- — привычным способом назвать младшего или любимого сына.