Фамилия Япина — женская форма, а её мужской вариант — Япин. В русской модели фамилия на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Япин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Япа. Основа здесь — Яп-, и это редкий случай, когда корень неочевиден и порождает несколько разных версий.

Самая прямая версия — отчество от прозвища Япа. В русских говорах «япа» — это не только ротозей, простак (от «япать» — хватать ртом, зевать), но и диалектное название рыбы ерша или бычка. Прозвище могли дать либо за медлительность и разинутый рот, либо за колючий, неуживчивый нрав — по аналогии с мелкой рыбой. Версия с рыбой подкрепляется тем, что в северных и волжских говорах слово «япа» в этом значении фиксируется, а ономастический словарь Веселовского упоминает прозвище Япа в XVI веке.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — от крестильного имени Яп, которое могло быть народной формой редкого имени Иапет (в греческой мифологии — титан, отец Прометея). В святцах такое имя встречается, но крайне редко, поэтому эта гипотеза уступает прозвищной.

Суффикс -ин характерен для северных и центральных областей России, но фамилия Япин/Япина встречается рассеянно — от Вологодчины до Урала. Встречаемость невысокая, что говорит о локальном происхождении от одного-двух родов.

Интересная деталь: если смотреть на однокоренные фамилии, то рядом стоят Япаров, Япрынцев, Яптухов — они явно восходят к тюркским корням (яп- «делать, покрывать»), но Япин держится особняком. Скорее всего, это чисто славянская фамилия, образованная от бытового прозвища, и предки носителей — крестьяне или посадские люди, получившие кличку по характеру или внешности.