Фамилия Ярдина — редкий случай, когда географическая привязка говорит больше, чем разбор корня. В русской ономастике фамилии на -ин традиционно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Иванов, но Ильин; Кузьмин, но Ярдин. Следовательно, исходным было слово «Ярда» — прозвище или мирское имя.

Корень «ярд» не имеет прямого отношения к английской мере длины. В русских говорах слово «ярда» встречается в двух значениях. Первое — диалектное: так в некоторых областях называли бойкую, резвую женщину или девушку, от глагола «яриться» (горячиться, злиться). Второе — прозвище, которое мог получить человек вспыльчивый, «ярый». Оба значения сходятся к древнерусскому «яръ» — весенний, горячий, сильный.

Однако фамилия Ярдина почти не встречается в центральных и южных губерниях России. Её ареал — северные регионы: Архангельская, Вологодская области, а также Пермский край. Там, в старообрядческой среде, слово «ярда» могло означать «крутой берег», «овраг» или «обрыв» — от финно-угорского субстрата. В коми-зырянском языке «яр» — это крутой речной берег, а «ярда» — его уменьшительная форма. Человек, живший у такого обрыва, получал прозвище Ярда, а его дети становились Ярдиными.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Ярды». Фамилия не крестьянская в привычном смысле: на Севере фамилии сложились раньше, чем в центральной России, и часто фиксировались по прозвищам ещё в XVI–XVII веках. Ярдины могли быть и черносошными крестьянами, и посадскими людьми.

Встречается также вариант написания Ярдюга — с другим суффиксом, но той же основой. Это подтверждает, что корень «ярд» был живым в северных говорах. Современные носители фамилии чаще всего живут в Архангельской области и в Перми; за пределами России фамилия практически не фиксируется.