Фамилия Ящун — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а прозвище, связанное с животным миром. Образована она при помощи суффикса -ун, который в русских фамилиях встречается нечасто. Этот суффикс обычно прикреплялся к глаголам и указывал на деятеля: «крикун», «ворчун», «молчун». В случае с Ящуном основа — слово «ящур» (или диалектное «ящурка» — ящерица). Таким образом, прозвище Ящун могли дать человеку, которого сравнивали с ящерицей: за юркость, вертлявость, быстрые движения или, напротив, за холодность и скрытность.

Менее вероятна, но возможна версия, что Ящун — это фонетический вариант более распространенной фамилии Ящук. Суффикс -ук типичен для западнорусских и украинских земель, а -ун встречается в южнорусских говорах. В этом случае основа та же — «ящур», а значение прозвища сохраняется.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. В дореволюционных переписях она фиксируется в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях. Это область, где слово «ящур» в значении «ящерица» было в ходу вплоть до XX века. В отличие от фамилий, образованных от церковных имён (Иванов, Петров), Ящун — чисто прозвищная фамилия, закреплённая за одним родом. Такие фамилии редко давали крепостным от помещика — скорее, это самоназвание или прозвище, данное соседями.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Ящук, Ящерицын, Ящеров) показывает, что Ящун стоит особняком благодаря редкому суффиксу. Если Ящук — это «сын Ящура», то Ящун — это сам носитель прозвища, без оттенка принадлежности. Такая модель характерна для древних прозвищ, которые со временем стали фамилиями, не меняя формы. Поэтому, скорее всего, первый носитель фамилии был известен в своей округе именно под этим прозвищем, и оно закрепилось за его потомками без изменений.