Фамилия Яшкарина образована от имени или прозвища Яшкара. В основе лежит краткая форма крестильного имени Яков (древнееврейское «идущий по следу»), которая в народной речи звучала как Яшка. Суффикс -ар- в данном случае — редкая и интересная деталь. Обычно от имени Яшка образовывали фамилии Яшкин, Яшков, но здесь появился дополнительный элемент, который мог означать принадлежность к чему-то или указывать на профессию: Яшкара — человек, связанный с Яшкой (например, «Яшкин работник», «Яшкин сын», а в некоторых говорах — «тот, кто делает что-то с яшкой», если яшкой называли ящик или короб). Вторая версия, менее вероятная, но возможная: прозвище Яшкара могли дать человеку с дефектом речи или забавной манерой говорить — от глагола «яшкать», то есть произносить «я» вместо других звуков.

Фамилия редкая, её география узкая — встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, где в XVIII–XIX веках активно расселялись государственные крестьяне и мастеровые. Скорее всего, предки носителя фамилии были не дворянами, а крестьянами или ремесленниками, получившими фамилию по имени отца или по прозвищу в ходе массового закрепления фамилий после отмены крепостного права.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Яшкарин, то есть сын, потомок Яшкары. Если бы фамилия была женской формой (Яшкарина), то мужская версия звучала бы как Яшкарин. В современном русском языке фамилия склоняется по правилам притяжательных прилагательных на -ин. По сравнению с однокоренными фамилиями (Яшкин, Яшков, Яшников) Яшкарина выделяется именно редким суффиксом -ар-, который в русской ономастике обычно связывают с тюркскими или диалектными влияниями, но в данном случае он, скорее всего, чисто русский, образованный по аналогии с профессиональными прозвищами вроде «бондаря» или «гончара».