Фамилия Яшкаев — редкий пример, где основа почти наверняка тюркская, а оформление — русское, с типичным суффиксом принадлежности -ев. Если отбросить окончание, остаётся корень Яшкай. Это личное имя или прозвище, распространённое у татар, башкир, чувашей и других народов Поволжья.

Самая вероятная версия — Яшкай как вариант имени Яшкар, которое восходит к тюркскому «яшь» — молодой, юный. В таком случае Яшкаев — буквально «сын молодого», то есть потомок человека, которого в общине звали Молодцом или Юнцом. Менее распространённая гипотеза связывает основу с диалектным «яшкай» — крикливый, бойкий (от тюркского корня со значением «звук, шум»). Тогда прозвище давали задиристому или громкоголосому человеку.

По модели образования фамилия типична для восточных регионов России, где в XIX–XX веках тюркские имена массово русифицировали с помощью суффиксов -ов/-ев. В отличие от исконно русских фамилий на -ин (например, Яшкин), здесь использован именно -ев, что выдаёт нерусскую основу, адаптированную по законам русского языка.

Географически Яшкаевы чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области. В дореволюционных переписях эта фамилия почти не фигурирует среди дворянства или купечества — её носители, скорее всего, были государственными крестьянами или тептярями (сословие в Приуралье). Сословный потолок невысок, зато фамилия хорошо сохранилась именно в сельской среде.

Есть и редкая омонимичная версия: у чувашей слово «яшка» означает суп, похлёбку, а суффикс -ай мог образовывать прозвище повара или любителя поесть. Однако эта гипотеза слабее — в чувашской антропонимике такие модели встречаются редко, и большинство исследователей склоняются к антропонимическому (от личного имени) происхождению.