Фамилия Яштайкин — редкий случай, где основа явно не славянская, а марийская или, шире, финно-угорская. Суффикс -ин указывает на русскую модель образования: так в России оформляли фамилии от инородческих имён и прозвищ, прибавляя притяжательный суффикс. Буквально: «чей?» — Яштайкин, то есть потомок человека по имени или прозвищу Яштай.

Корень «яштай» восходит к марийскому языку. Вероятнее всего, это личное имя Яштай (или Йоштай), которое могло быть образовано от марийского «йошкар» — красный. В тюркских и финно-угорских языках слово «красный» часто входило в состав имён как символ красоты, силы или молодца. Встречается также вариант «яштык» — красноватый. Менее вероятно, хотя и не исключено, что основа связана с диалектным «яшта» — так в некоторых говорах называли ящерицу или юркого человека. Но для марийской среды имя-цвет гораздо типичнее.

Географически фамилия тяготеет к Марий Эл и прилегающим районам Кировской области, Татарстана, Удмуртии. Встречается она крайне редко — носителей можно пересчитать по пальцам, что характерно для фамилий, возникших в деревнях на стыке культур. Предки Яштайкиных, скорее всего, были марийцами-крестьянами, получившими фамилию при переписях XVIII–XIX веков, когда русские писцы фиксировали местные имена на слух и прибавляли к ним стандартный суффикс.

В написании возможны колебания через «о» — Йоштайкин, что подтверждает марийское происхождение: звук «йо» в русской передаче мог превратиться в «я». Фамилия не имеет отношения к русскому слову «ящик» или «яства» — это ложная этимология, которая возникает от внешнего сходства. По сути, Яштайкин — один из немногих следов дохристианских имён марийцев, сохранившихся в русском фамильном фонде.