Фамилия Ятайкин — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ин скрывается нерусская, скорее всего, тюркская основа. Модель образования проста: к корню Ятай- добавили типичный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («чей?» — Ятайкин, то есть сын или потомок Ятая). Само имя или прозвище Ятай в русской среде не встречается, зато хорошо известно в тюркских языках.

Скорее всего, в основе лежит тюркское личное имя Ятай. Его можно возвести к слову «ят» (чужой, инородец) или к глагольной форме со значением «лежать, отдыхать, располагаться». В татарском и башкирском именослове встречаются имена с корнем ят-, которые могли давать ребёнку, родившемуся в дороге или в гостях, — как метафора «чужого», пришлого человека. Впрочем, есть и другая версия: в некоторых диалектах «ятай» означало «распростёртый, широкий» — возможно, прозвище крупного или неторопливого человека.

География фамилии подтверждает её восточное происхождение. Ятайкины — нередкая фамилия в Оренбургской области, Башкортостане, Татарстане, встречается в Самарской и Челябинской областях. Это типичный ареал, где русские фамилии образовывались от имён крещёных татар, башкир или мордвы. Примечательно, что суффикс -ин, а не -ов, указывает на основу, оканчивающуюся на гласный или мягкий согласный: Ятай → Ятайкин.

В документах XVII–XVIII веков имя Ятай встречается среди служилых татар и башкир, переходивших на русскую службу и принимавших православие. Их потомки нередко получали фамилию по отцу — так Ятай и стал Ятайкиным. Сословно это могли быть как государственные крестьяне, так и казаки, поскольку южноуральские земли осваивали именно казачьи общины, куда входили и крещёные инородцы.

Таким образом, носитель фамилии Ятайкин может с высокой вероятностью проследить свои корни до тюркского предка по имени Ятай, жившего на границе русских и кочевых земель, а сама фамилия — яркий пример того, как русская модель именования «переработала» иноязычное имя, сохранив его звучание почти без изменений.