Фамилия Яунер — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а немецкое или еврейское (ашкеназское). В русском языке она выглядит как искусственно русифицированная или записанная на слух иностранная фамилия.

Ключ к разгадке — корень «Яун-». Он восходит к немецкому слову «Jaun» или «Jahn». В немецкой ономастике фамилия Jähner (или Jäuner) образована от прозвища человека, который был родом из местности с названием Яуна (Jaun) — например, из швейцарского кантона Фрибур, где есть коммуна Jaun. Но есть и другая, более распространённая версия: основа связана с личным именем Johann (Иоганн, Иван). В южнонемецких диалектах форма Jäner или Jauner могла означать «сын Иоганна», то есть это отчество. Суффикс -er в немецких фамилиях выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: указывает на принадлежность или происхождение.

На русской почве фамилия могла появиться несколькими путями. Первый — через немецких колонистов, которых в XVIII–XIX веках приглашали в Поволжье и Новороссию. Немецкие фамилии на -er часто записывали без изменений, а потом русифицировали окончания, но Яунер могла сохраниться в исходном виде. Второй — через еврейское население западных губерний Российской империи: еврейские фамилии нередко были германского происхождения, и Яунер могла быть вариантом фамилии Яун (Jawn) или Йонер (Jöner), образованной от названия профессии (например, «Jäger» — охотник, но с искажением). Третий, маловероятный, вариант — искусственное создание в советское время из аббревиатуры или инициалов, но для этого нет оснований.

Географически фамилия Яунер встречается крайне редко. В современных базах данных России и стран бывшего СССР она почти не фиксируется. Несколько носителей есть в Германии и Австрии, где фамилия Jäuner или Jauner записана в телефонных справочниках. В русском контексте это, скорее всего, след одной семьи, которая могла переселиться из Прибалтики или с Волыни.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить версию. В немецком языке есть фамилии Jahn, Jähne, Jähnert, Jähnig — все они восходят к имени Иоганн. Яунер стоит в этом ряду как форма с суффиксом -er, которая в некоторых диалектах превращала «Jahn» в «Jäuner» (с умлаутом, который в русской записи исчез). Если бы фамилия была финно-угорской или прибалтийской, корень выглядел бы иначе (например, Яунис, Яунарайгс). Поэтому самая правдоподобная гипотеза — немецкое отчество от Иоганна, принесённое в Россию переселенцами и сохранившееся в единичных семьях.