Фамилия Якунер — редкий случай, когда основа не бросается в глаза, а суффикс говорит о многом. В русских фамилиях формант -ер почти не встречается; он характерен для еврейских фамилий ашкеназского происхождения, особенно тех, что сложились на территориях бывшей Речи Посполитой, в Беларуси, на Украине и в Литве. Суффикс -ер в таких фамилиях часто обозначал профессию или род занятий: например, кантор — певчий, меламед — учитель. Якунер, скорее всего, образован от личного имени или прозвища Якун.

Самое вероятное объяснение: Якун — это просторечная, народная форма канонического имени Иаков (в западной традиции Яков, в восточнославянской — Яков, Якуб). Уменьшительное Якун встречается в древнерусских памятниках: так звали, к примеру, новгородского посадника XII века. Имя было распространено среди всех сословий, поэтому фамилия не указывает на знатное происхождение. Суффикс -ер в таком случае добавляет значение «сын» или «человек, имеющий отношение к»: Якунер — потомок Якуна.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В идише слово «якн» (jakn) означает «охотиться», а «якнер» — охотник. Однако эта гипотеза слабая: глагольная основа с суффиксом деятеля -ер дала бы фамилию Якнер, без лишней гласной «у». Форма Якунер явно указывает на имя, а не на занятие.

Географически фамилия тяготеет к западу бывшей Российской империи: чаще всего её фиксируют в Волынской, Гродненской и Минской губерниях. В современной России Якунеры встречаются редко, в основном в крупных городах — как след миграций XX века. Поскольку фамилия недворянская и не получила широкого распространения в привилегированных сословиях, её носителями в основном были мещане и крестьяне, а после черты оседлости — еврейское население местечек.

Таким образом, фамилия Якунер — это отчество от народной формы имени Иаков, оформленное по ашкеназской словообразовательной модели. Она не скрывает тайного ремесла или древнего титула, но точно указывает на предка, которого в быту звали Якун.