Фамилия Явдаев по своему происхождению неоднозначна: она может восходить как к крестильному имени, так и к прозвищу, связанному с тюркскими корнями. Самая вероятная версия — что в основе лежит имя или прозвище Явдай, которое, в свою очередь, образовано от арабского имени Джавдат (Джавда, Джавдат) — «лучший», «превосходный». Такой вариант объясняет и звучание, и типичную для восточных окраин Российской империи модель: имя на -ай (ср. Абдулай, Мамай) плюс русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность потомку Явдая.

Вторая, менее распространённая гипотеза связывает фамилию с тюркским словом «явда» (или «явды») — «плохой», «скверный». В этом случае Явдаем могли прозвать человека с дурным характером или невезучего. Однако такое прозвище вряд ли закрепилось бы в качестве родового имени без дополнительного смягчающего контекста, поэтому версия с арабским именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Явдаев встречается в основном в Поволжье и на Южном Урале, среди татар, башкир и русских, живших в смешанных регионах. В метрических книгах XIX века носители фамилии фиксируются в Оренбургской и Уфимской губерниях — это указывает на то, что предки Явдаевых, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, принявшими православие, но сохранившими исходное имя в русифицированной форме.

Суффикс -ев, а не -ов, намекает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или на -й: Явдай → Явдаев. Такая модель типична для фамилий, образованных от имён, заканчивающихся на -ай (Батаев, Мамаев, Сапаев). Если бы исходное слово звучало как Явда, фамилия выглядела бы как Явдин, но этого не произошло.

Словообразовательно фамилия проста: имя-основа + суффикс принадлежности. Никаких редких суффиксов или двойных корней — это классический патроним, каких тысячи, но с необычным восточным корнем, который не сразу прочитывается носителем русского языка.