Фамилия Йотова — редкий случай в русской ономастике, и её происхождение напрямую связано с буквой «йот» (й). В дореволюционной орфографии и в церковнославянском письме «йот» — это название буквы, обозначавшей звук [j] (как в слове «йод»). Фамилию могли дать человеку, который чем-то напоминал эту букву: например, сутулился или писался с характерным росчерком. Но есть и более прозаичная версия.

Основа фамилии — не имя и не прозвище, а графический знак. Суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: «сын Йота» или «из семьи Йотовых». Поскольку буква «йот» в русской азбуке считалась заимствованной и редко использовалась в бытовых именах, такое прозвище могло возникнуть в среде грамотных людей: среди церковных псаломщиков, учителей или писарей. В крестьянской среде, где фамилии часто образовывали от мирских имён (например, Буква, Аз), Йотов — вариант той же модели, но с более книжным оттенком.

В болгарской и македонской традиции фамилия Йотова (с ударением на первый слог) встречается чаще, чем в русской. Там она могла произойти от личного имени Йото — краткой формы от Йордан (Иордан) или Йосиф. В таком случае это не буквенная, а антропонимическая фамилия, и её носители — потомки человека по имени Йото. Русская же версия, скорее всего, искусственная: её могли дать в семинарии или при переписи как «говорящую» фамилию, указывающую на род занятий, связанный с письмом.

Сравните с однокоренными фамилиями: Йотов, Йотовский, Йоткин. Все они редки и встречаются точечно — в основном на юге России, в среде потомков церковнослужителей. В массовых базах данных (например, по переписи 1897 года) Йотовы почти не фиксируются, что подтверждает их позднее и нетипичное происхождение. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать их среди грамотных ремесленников или духовенства XIX века — именно там буква могла стать прозвищем.